Un nuovo algoritmo per mappare la “sostanza oscura” della vita
Questo nuovo algoritmo di assemblaggio mappa il 90 per cento dei geni di una singola cellula: finora ne occorrevano circa un miliardo per arrivare al 95 per cento
La chiamano la materia oscura della vita: si tratta dei genomi di migliaia di batteri finora rimasti oltre le possibilità di analisi da parte dei microbiologi. Ora un nuovo studio pubblicato sulla rivistaNature Biotechnology a firma dei ricercatori di un consorzio tra l’Università della California San Diego, il J. Craig Venter Institute e la società Illumina Inc, illustra un nuovo metodo di sequenziamento genomico che colma questa lacuna, aprendo nuove prospettive per le scienze biomediche, in particolare per la sintesi di antibiotici, e per la produzione di biocombustibili.
Il progresso cruciale consiste nella possibilità di assemblare genomi praticamente completi da DNA estratto da una singola cellula batterica: finora i metodi di sequenziamento convenzionali richiedevano almeno un miliardo di cellule identiche, cresciute in colture di laboratorio.
“Questa parte della vita, che comprende i genomi di batteri che non possono essere coltivati il laboratorio, ci era finora completamente inaccessibile”, ha spiegato Pavel Pevzner, professore di computer science della Jacobs School of Engineering dell’UC San Diego e pioniere nello studio di algoritmi per le moderne tecnologie di sequenziamento.
Pevzner e colleghi hanno sviluppato un algoritmo in grado di migliorare drasticamente le prestazioni del software utilizzato per sequenziare il DNA prodotto da una singola cellula batterica.
“Questo nuovo algoritmo di assemblaggio mappa il 90 per cento dei geni di una singola cellula, contro il 70 per cento dei metodi precedenti”, sottolineano i ricercatori. “Evidentemente non si tratta del 100 per cento, ma occorre tenere conto che con le attuali tecniche si arriva al 95 per cento partendo da un miliardo di cellule”.
